L'intestin est une partie du tube digestif, qui contribue à la digestion des aliments et au passage des nutriments vers le sang et le reste de l'organisme chez les bilatériens. Cette partie de l'appareil digestif s'étend de la sortie de l'estomac à l'anus. Chez les humains et la plupart des mammifères, il est divisé en deux parties appelées l’intestin grêle et le gros intestin. Chez les animaux à système circulatoire, c'est la partie du corps qui assure l'assimilation dans le sang des nutriments provenant des aliments. L'intestin en bonne santé est une barrière contre certains microbes, mais perméable aux nutriments. Il est le lieu d'une intense vie microbienne (microbiote intestinal, microbiote intestinal humain). Toute altération anormale de sa perméabilité peut affecter l'organisme entier.

Intestin grêle Alors que l'estomac « casse » principalement les molécules constituant les aliments en plus petites molécules, la digestion se poursuit dans l'intestin grêle, où un certain nombre de molécules sont réduites à l'état de nutriments, assimilables par l'organisme. La fine membrane de l'intestin grêle est recouverte de plis et de villosités afin d'augmenter la surface d'échange avec le réseau sanguin. La plupart des protéines sont ainsi assimilées dans l'intestin grêle, ainsi que les glucides et lipides. Chez les humains, il mesure entre 3 et 6 mètres et est composé du duodénum, du jéjunum et de l'iléon.

Le gros intestin chez l'être humain mesure entre 1 et 1,5 mètre et comporte trois parties : le cæcum (portant l’appendice vermiforme), le côlon et le rectum.

Le gros intestin héberge des bactéries vivant en symbiose avec leur hôte, qui peuvent décomposer des molécules que le corps humain n'est pas capable d’assimiler. Cette flore intestinale (ou microbiote intestinal) est indispensable au bon fonctionnement du processus de la digestion.

Côlon et rectum sont parfois le siège de proliférations anormales, non contrôlées, des cellules de leur muqueuse. Ceci provoque une grosseur en forme de polype (adénome), qui peut dégénérer en cancer du côlon invasif.

Le « second cerveau » Environ 200 millions de neurones sont présents dans l'intestin humain et le système nerveux entérique communique de manière étroite avec le système nerveux central.

Des études ont suggéré que le microbiote intestinal prendrait également part à la communication entre l'intestin et le cerveau et influencerait le fonctionnement cérébral. Certains chercheurs[Lesquels ?] se pencheraient même sur des liens possibles entre un déséquilibre du microbiote intestinal et certains troubles psychiques comme le stress, la dépression, mais aussi les maladies neurodégénératives (Parkinson, Alzheimer...).

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